L’ecosistema delle Valli di Campotto è caratterizzato da ambienti umidi di acqua dolce che presentano varietà di habitat contraddistinti da diversi livelli di altezza delle acque. Campotto per la presenza di habitat e specie di interesse comunitario è uno dei nodi della rete Natura 2000, rete di aree protette destinate alla conservazione della biodiversità identificate dall’Unione Europea per la conservazione di habitat naturali importanti per la presenza di fauna e flora selvatiche.

Le acque più profonde sono caratterizzate da idrofite come ninfee bianche, nannufari e poligono anfibio, si trovano in questa zona anche piante totalmente sommerse, in questo ambiente la presenza dominante e di ittiofauna, di anfibi, insetti quali libellule di diverse specie, e in particolare da uccelli come il mignattino piombato. Mano a mano che la profondità dell’acqua diminuisce si trovano i canneti di canne di palude e tife, luogo di nidificazione di Aironi cenerini e rossi, Sgarze ciuffetto, Garzette. 

Uscendo dalle casse di espansione si trovano aree umide caratterizzate da acque molto basse, i prati umidi, ambienti ricchissimi di avifauna, in particolare limicoli che si alimentano dei piccoli invertebrati presenti nel fango.

Addentrandosi nel bosco si incontra un ambiente caratteristico che presenta zone umide e aree allagate all’interno, dove sono presenti specie arboree legate ad ambienti umidi, come Pioppi, Frassini, Salici, Olmi, e specie animali come volpi, Lepri, Tassi, anfibi, rettili, come le Tartarughe palustri e i Biacchi, uccelli come Rigogoli, Picchi, Nitticore, Gufi. Il bosco è anche l’habitat ideale di invertebrati, alcuni di interesse comunitario, tra i quali lo scarabeo solitario.

L’oasi di Campotto è stata interessata da due progetti LIFE NATURA, l’ultimo concluso nel 2005, che hanno previsto interventi di conservazione e miglioramento dei parametri ambientali di Campotto.